สำหรับมาตรการที่มิใช่ภาษี เป็นนโยบายที่ญี่ปุ่นให้ความสำคัญ ค่อนข้างน้อยกว่ามาตรการภาษี ญี่ปุ่นมีการห้ามการนำเข้า และจำกัดปริมาณการนำเข้า (Import Prohibition and Quantitative Import Restrictions) ในบางสินค้าเท่านั้น ญี่ปุ่นมีค่อนข้างมีชื่อเสียง เกี่ยวกับการใช้มาตรการด้านการนำเข้าอาหารที่เข้มงวด และมีการกำหนดให้มี Licensing Requirement ในบางสินค้าโดยอาศัยเหตุผลความปลอดภัยของชาติ ความปลอดภัย และสุขภาพของผู้บริโภค อนุรักษ์พืชและสัตว์ท้องถิ่น และสิ่งแวดล้อม

           ระหว่างปี 2002-2004 ญี่ปุ่นมีการใช้ Anti-Dumping Measure เพียงหนึ่งครั้งกับ Polyester Staple Fiber บางประเภทจากเกาหลีใต้และไต้หวัน (ยกเลิกการใช้มาตรการในปี 2005) และ Countervailing Measure กับ Dynamic Random Access Memory (DRAM) จากเกาหลีใต้ อย่างไรก็ตาม ญี่ปุ่นไม่มีการใช้ Safeguard Measure ระหว่างปี 2002-2004 จนถึงปัจจุบัน สำหรับการใช้มาตรการอุปสรรคทางเทคนิค (TBT) ของญี่ปุ่น พบว่า มีปัญหาต่อประเทศไทยน้อยมาก เนื่องจากไทยผลิตสินค้าตามสั่งหรือตามที่บริษัทญี่ปุ่นที่มาลงทุนในไทยผลิตสินค้าส่งกลับ

          หากพิจารณาถึงกฎหมายและมาตรการด้านสุขอนามัยและสุขอนามัยพืชและสัตว์ที่สำคัญของญี่ปุ่นจะประกอบไปด้วย

                - Food Sanitation Law (ความปลอดภัยทางด้านสุขอนามัย)

                - Domestic Animal Infectious Diseases Control Law (ป้องกันการแพร่ระบาดของโรคสัตว์)

                - Plant Protection Law (ป้องกันการแพร่ระบาดและการเรื้อรังของแมลงศัตรูพืช)